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神經元鈣傳感蛋白(NCS1)的膜結合性能研究【下】

來源:上海謂載 瀏覽 1001 次 發(fā)布時間:2022-07-06

關于脂肪酰基鏈,除DPPE外,在存在不飽和脂質(DO和DD)的情況下觀察到的MIP值大于在三個極性頭基的飽和脂質(DP和DS)下觀察到的MIP值。不飽和脂質比飽和脂質更具流動性和動態(tài)性,mNCS1與這種構象的相互作用更好。事實上,DP和DS單分子膜中不存在不飽和現(xiàn)象會導致液體冷凝物理狀態(tài),其中疏水性脂肪?;溄M織良好,極性頭基密集[53]。此外,在DOPS存在下觀察到的MIP值可以通過mNCS1對其不飽和脂肪?;湹母玫慕Y合相互作用來解釋,而不是PS的潛在排斥作用。同樣,在飽和磷脂存在下的協(xié)同值小于在不飽和磷脂存在下觀察到的協(xié)同值。事實上,在不飽和脂肪酰基鏈存在下觀察到的協(xié)同值在0.25±0.03和0.43±0.04之間。此外,在DDPC和DDPE存在下觀察到的協(xié)同值分別大于在DOPC和DOPE存在下觀察到的協(xié)同值。mNCS1似乎優(yōu)先結合長的不飽和脂肪?;?。這些數(shù)據(jù)表明,mNCS1將優(yōu)先結合由不飽和磷脂組成的生理膜結構域。然而,在DO脂肪酰基鏈存在的情況下觀察到的協(xié)同值與其他關于極性頭基的協(xié)同值不遵循相同的趨勢。事實上,PS脂質單層的協(xié)同值更大,PC和PE脂質單層的協(xié)同值降低。這一觀察結果可以用PO脂肪?;湹莫毺貥嬓蛠斫忉尅J聦嵣?,它們由一個順式雙鍵組成,該雙鍵導致剛性曲率[71],導致mNCS1以比PC和PE更大的協(xié)同作用與PS脂質單分子膜結合。


因此,如第2.3節(jié)所述,在不同i下存在摻雜單層的情況下,使用以下適用于Pitcher[50]表面壓力測量的拉伸指數(shù)方程對mNCS1進行了吸附動力學擬合。如表S2所示,摻雜單分子層中mNCS1的吸附速率從0.074s下降?1至0.003秒?1當初始表面壓力從5.0 mN/m增加到29.3 mN/m時。在這些條件下,速率系數(shù)隨著i值的增加而增加,正如之前用另一種蛋白質觀察到的那樣[72]。因此,在DOPE、DOPS和DPPE單分子膜存在的情況下,以近似相同的i值(約16 mN/m)計算了mNCS1的速率系數(shù)(表S3)。在摻雜單分子膜(0.069 s)存在下,速率系數(shù)更高?1)比用DOPS單分子膜觀察到的結果(0.030s?1)這高于用DPPE單分子膜觀察到的結果(0.002秒?1).這一觀察結果意味著,除了MIP和synergy的高值外,DOPE對蛋白質的吸附比DOPS或DPPE更快。


先前的數(shù)據(jù)表明,約5%的突觸體NCS1定位于Triton X-100提取后獲得的耐去污劑膜(DRM)[43]。然而,其余95%的定位尚未確定。mNCS1可能主要定位于由不飽和磷脂組成的膜結構域,尤其是那些含有PE極性頭基的膜結構域。


3.1.2.缺鈣對mNCS1膜結合的影響


mNCS1與鈣的結合導致構象變化、C末端片段的擠出和大的疏水裂縫的暴露[23,24]。這些變化可能與mNCS1的膜結合有關。以前的數(shù)據(jù)表明,在有鈣和無鈣的情況下,NCS1與膜的結合不同[73]。事實上,鈣濃度的升高穩(wěn)定了膜上mNCS1的補充部分。NCS1對鈣具有納摩爾親和力(90 nM)[44],因此在存在1 mM鈣時處于鈣結合構象。在乙二醇四乙酸(EGTA)存在下也進行了膜結合測量,EGTA是鈣離子的螯合劑。在EGTA存在下,mNCS1的EF-hand基序不能結合可能存在的鈣,蛋白質的構象改變?yōu)闊o鈣形式。因此,在四種不同磷脂(DPPS、DPPE、DOPS和DOPE)存在的情況下,評估了鈣和磷脂組成對mNCS1膜結合的影響。以下數(shù)據(jù)說明了在鈣存在下mNCS1的構象變化以及這種變化對其膜結合的影響。

圖5.在無鈣(白色)和有鈣(灰色)的情況下,mNCS1與DPPS、DPPE、DOPS和DOPE的MIP(A)和協(xié)同作用(B)值。MIP和synergy值的不確定性如第2.3節(jié)所述計算。


在沒有鈣的情況下,mNCS1采用無鈣構象,其結合膜的方式與存在鈣的情況不同。圖5比較了在存在和不存在鈣的情況下獲得的mNCS1的MIP和synergy值(數(shù)值見表S4)。當mNCS1不與鈣結合時,MIP值大于存在鈣的情況。事實上,在沒有鈣的情況下,所有MIP值都在30 mN/m以上,這表明當?shù)鞍踪|與鈣結合時,該蛋白質能夠與任何膜蛋白結合。在沒有鈣的情況下,協(xié)同值也相當高,表明mNCS1和膜之間有很強的協(xié)同作用,無論其成分如何。DPPE、DOPS和DOPE單分子膜缺鈣對結合參數(shù)的影響很小,分別使MIP增加5.57、2.28和4.16 mN/m,協(xié)同效應分別增加0.16、0.00和0.07。無鈣構象似乎限制了mNCS1與PE脂質單層的膜結合。然而,在DPPS單層的存在下,MIP值增加了一倍多,從19.3 mN/m增加到42.8 mN/m。此外,在沒有鈣的情況下觀察到巨大的協(xié)同值增加。實際上,協(xié)同價值從?0.12至0.47,表明mNCS1的無鈣構象應隱藏其負電荷,并消除該單層與蛋白質之間的排斥作用(圖4)。mNCS1的負電荷殘基應埋在無鈣構象中,并暴露在鈣結合構象中,從而導致蛋白質排斥。在DOPS存在的情況下,協(xié)同值從0.38降低到無鈣的情況下的0.23。DO脂肪?;湹莫毺貥嬓涂梢越忉屵@一數(shù)據(jù)。然而,在沒有鈣的情況下,MIP和協(xié)同值相當高,并且應允許mNCS1與由DOP組成的脂質結構域的膜結合。


先前的數(shù)據(jù)表明,鈣對兩種形式的蛋白質都有外在的穩(wěn)定作用[74]。事實上,在沒有鈣的情況下,mNCS1和nmNCS1的穩(wěn)定性顯著降低,但在有鈣的情況下,平衡轉變是完全可逆的。然而,這些研究是在沒有脂質單層的情況下進行的。在缺乏鈣和磷脂的情況下,NCS1的結構可能會不穩(wěn)定,但在磷脂單分子膜的存在下,這種趨勢可能會逆轉。事實上,兩種形式的NCS1在沒有鈣的情況下的MIP值都更大,這表明在沒有鈣的情況下,蛋白質與膜強烈相互作用。這一觀察結果支持了這樣一個事實,即在沒有鈣的情況下,蛋白質與膜緊密結合,而在有鈣的情況下,構象變化減少了這種相互作用,這肯定有利于那些具有不同底物的蛋白質。


在沒有鈣的情況下進行的測量可以表征鈣和mNCS1構象的存在對其膜結合的影響。然而,為了確定最終的肉豆蔻酰鈣開關,對非肉豆蔻酰化蛋白nmNCS1進行了相同的測量。


3.2.是否存在鈣-肉豆蔻酰開關?


3.2.1.肉豆蔻酰基在NCS1膜結合中的作用


NCS家族蛋白質的N-末端甘氨酸是?;腫8-10]。這種?;赡茉谶@些蛋白質的生理功能中發(fā)揮重要作用。mNCS1的?;侨舛罐Ⅴ;?,是一個沒有雙鍵的14碳鏈。一些NCS蛋白質具有鈣-肉豆蔻基開關,這是一種動態(tài)機制,允許在鈣存在的情況下擠出肉豆蔻基。然而,如引言所述,NCS1的這種機制存在爭議。因此,使用不含肉豆蔻?;牡鞍踪|nmNCS1進行了結合膜測量,以表征不存在這種?;瘜ζ淠そY合的影響。


圖6比較了在有鈣和無鈣的情況下mNCS1和nmNCS1的MIP值(數(shù)值見表S5)。在鈣存在或不存在的情況下,用nmNCS1觀察到的MIP值與觀察到的四種磷脂的mNCS1的MIP值沒有顯著差異。因此,肉豆蔻?;拇嬖谒坪踉阝}存在下蛋白質的膜結合中不起關鍵作用。這些觀察結果表明,NCS1中不存在肉豆蔻酰鈣開關。事實上,另兩種非肉豆蔻酰化和肉豆蔻?;问降腘CS蛋白質VILIP-1和VILIP-3的MIP值之間的巨大差異突顯了這種機制的存在[35]。在鈣與DOPC/DOPS單層(3:1)的存在下觀察到了這些差異。在不同的磷脂單分子膜中觀察到recoverin(另一種NCS蛋白質)的MIP值存在差異,無論是否具有肉豆蔻?;饔茫@些磷脂單分子膜突出了這種蛋白質的肉豆蔻酰鈣開關(C.Salese,未發(fā)表的結果)。此外,肉豆蔻?;拇嬖谠黾恿薔CS1的鈣協(xié)同度[24]。事實上,mNCS1與鈣的結合比nmNCS1更強,3個鈣離子與mNCS1結合,而nmNCS1只有2個。然而,這種區(qū)別不會導致鈣存在時nmNCS1的不同膜結合。

圖6.nmNCS1(白色)和mNCS1(灰色)的MIP值,在不存在鈣(A)和存在鈣(B)的情況下,具有DPPS、DPPE、DOPS和DOPE。MIP值的不確定性如第2.3節(jié)所述計算。


還觀察到肉豆蔻?;头侨舛罐Ⅴ;疺ILIP-3之間的吸附動力學差異。然而,鈣存在下nmNCS1的吸附動力學與mNCS1的吸附動力學相似。事實上,在DOPE、DOPS和DPPE存在的情況下,計算了nmNCS1的速率系數(shù)(表S3)。如mNCS1所觀察到的,在摻雜單分子膜(0.069 s)存在時,速率系數(shù)更高?1)比用DOPS單分子膜觀察到的結果(0.061s?1)這高于用DPPE單分子膜觀察到的結果(0.003秒?1)對于nmNCS1。這一觀察結果表明,無論肉豆蔻?;c否,DOPE對蛋白質的吸附都比DOPS或DPPE更快。肉豆蔻?;鶊F的缺失不會顯著影響蛋白質對不同磷脂單分子膜的吸附速率。在鈣存在的情況下,mNCS1和nmNCS1的相似MIP值和速率系數(shù)表明,NCS1沒有鈣-肉豆蔻酰開關,正如幾位作者所提出的[29,37,38,41]。


當NCS蛋白質具有鈣-肉豆蔻酰開關時,肉豆蔻?;鶊F在膜結合中起關鍵作用[30-35,75-77]。然而,NCS1的肉豆蔻?;赡芫哂谐そY合之外的另一種作用。事實上,以前的研究表明,肉豆蔻?;鶊F可能在蛋白質的展開/復性中發(fā)揮結構作用[74]。這一功能在很大程度上取決于鈣,這可以解釋在有無鈣的情況下觀察到的差異。mNCS1和nmNCS1的相似MIP值表明,肉豆蔻?;粎⑴c鈣-肉豆蔻酰基開關或膜結合,而是參與蛋白質的結構作用。因此,需要研究一種類似于N-末端片段的肽,以試圖解釋該片段的作用,該片段似乎不涉及鈣-肉豆蔻酰開關。


3.2.2.N-末端片段在鈣存在下NCS1膜結合中的作用


NCS1的N-末端片段參與蛋白質與磷脂酰肌醇4-激酶相互作用的功能[46]。然而,關于最終參與膜結合的信息尚未描述。因此,使用類似于NCS1 N末端片段的肽進行了膜結合測量。該肽由以下33個殘基組成:gksnsklkpevveeltrktyftekevqwykgf。由于脯氨酸的存在,該肽是肉豆蔻?;?,由兩個螺旋和一個環(huán)組成(圖S1)。首先,已確定肽的飽和濃度為9g/mL。然后,在鈣存在的情況下,對之前研究的12種不同磷脂與整個蛋白質進行結合膜測量。

圖7.在鈣存在下,使用DPP、DSP、DOPS、DDPS、DPPC、DSPC、DOPC、DOPC、DDPC、DPPE、DSPE、DOPE、DOPE和DDPE的單層的N-末端肽的MIP(A)和協(xié)同作用(B)值。MIP和synergy值的不確定性如第2.3節(jié)所述計算。


圖7比較了有無鈣時mNCS1和nmNCS1的MIP值(數(shù)值見表S6)。在PC或PE脂質單分子膜存在下觀察到的所有MIP值均高于30 mN/m,表明肽可以優(yōu)先結合由兩性極性頭基組成的磷脂。所有這些MIP值相似(31.6和37.7 mN/m之間,DOPE除外),并且沒有顯示出對特定脂肪?;湹拿鞔_偏好。在PS脂質單分子膜存在下觀察到的MIP值低于30 mN/m,但DOP除外,這可以由DO脂肪?;湹莫毺貥嬒髞斫忉?。此外,在存在DP、DS和DD脂肪?;湹那闆r下,PE脂質單分子膜的協(xié)同值高于PC和PS脂質單分子膜的協(xié)同值。在DS脂肪酰基鏈的情況下,用PE脂質單層觀察到的協(xié)同值低于用PC觀察到的協(xié)同值,但優(yōu)于用PS觀察到的協(xié)同值。這些趨勢表明,N端肽參與了整個蛋白質與由PE脂質單層組成的磷脂的優(yōu)先結合。此外,關于脂肪?;?,沒有明顯的趨勢。事實上,在不飽和磷脂與聚苯乙烯的存在下觀察到更高的協(xié)同值,而在聚碳酸酯中觀察到相反的趨勢。除DOPE外,在PE中觀察到的所有協(xié)同值都很高。因此,這些數(shù)據(jù)表明,除了其N末端片段外,蛋白質的其他結構域也參與了膜結合。此外,在DOPE、DOPS和DPPE存在的情況下,計算了N端肽的速率系數(shù)(表S3)。速率系數(shù)比完整蛋白質慢并且相對恒定(0.001 s?1,0.002秒?1和0.003秒?1分別為DOPE、DOPS和DPPE單層)。這一結果表明,NCS1的其他結構域參與了蛋白質與脂質單層的相互作用速度。


盡管用N-末端肽觀察到的趨勢不太明顯,但這些數(shù)據(jù)與用mNCS1觀察到的結果一致。因此,N末端片段可以像蛋白質的其他片段一樣與膜相互作用。為了更好地了解其參與mNCS1的膜結合,使用在線工具Heliquest分析了N-末端序列[78]。該工具可以預測兩親性肽的二級結構[79]。其算法檢測至少五個相鄰殘基的不間斷疏水表面的存在。如果存在這樣的面,則驗證面殘留物是否為極性。螺旋輪中N-末端肽的氨基酸序列的投影如圖8A所示。大多數(shù)帶電殘基(紅色為正,藍色為負)位于親水面上,并可能與膜的極性頭基團相互作用。此外,大多數(shù)疏水殘基(黃色)位于螺旋的另一面,并可能與脂肪?;溝嗷プ饔?。這個組織可以解釋在12個研究中觀察到的9個磷脂的MIP非常高的值。NCS1的N-末端片段似乎參與了NCS1膜結合。其疏水殘基與脂肪?;溝嗷プ饔茫溆H水殘基與極性頭基相互作用,如圖8B所示。這種參與應該解釋NCS1的N末端片段在膜結合中的重要性,從而解釋肉豆蔻基的微弱影響。

圖8.(A)使用在線工具Heliquest[78]建立的N-末端肽的螺旋輪表示法。顏色代碼如下:疏水殘基為黃色,絲氨酸和蘇氨酸為紫色,堿性殘基為藍色,酸性殘基為紅色,天冬酰胺和谷氨酰胺為粉紅色,脯氨酸為綠色,其他殘基為灰色。(B)在存在脂質單層的情況下N-末端肽的方向的圖示。使用與(A)相同的顏色代碼(為了解釋本圖例中對顏色的引用,讀者請參閱本文的web版本)。


4、結論


在mNCS1存在下進行的膜結合測量表明,由PE極性頭基和不飽和脂肪?;溄M成的磷脂具有更好的結合相互作用。這些數(shù)據(jù)說明了NCS1參與神經退行性疾病的原因。事實上,大多數(shù)神經干細胞蛋白參與了由鈣調節(jié)失調引起的神經退行性疾病[8,80-83]。NCS1在精神分裂癥[84]、雙相情感障礙[85]、帕金森病[86]和阿爾茨海默病[87]患者的前額葉皮層上調。在精神分裂癥[88,89]、阿爾茨海默病[90]和帕金森病[91,92]患者的大腦中觀察到多不飽和脂肪酸濃度下降。此外,發(fā)現(xiàn)較少的PE脂質單層有利于PS脂質單層。然而,PS極性頭基團帶負電,應會對NCS1的膜結合及其功能產生巨大影響。此外,由于鈣的存在而引起的構象變化顯著影響NCS1膜結合。事實上,在鈣存在的情況下,NCS1的膜結合較弱,這表明蛋白質發(fā)生了重組,以更好地與其底物相互作用。肉豆蔻?;拇嬖趯CS1的膜結合影響很小,表明該蛋白質中缺乏鈣-肉豆蔻?;_關機制。肉豆蔻?;赡茉贜CS1的折疊/去折疊中起到所需的結構作用。最后,N末端肽由兩個參與NCS1膜結合的兩親螺旋組成。這些結果證實了文獻中觀察到的一些數(shù)據(jù),但尚未解釋。事實上,他們認為NCS1沒有鈣-肉豆蔻酰開關,正如幾位作者先前提出的[29,37,38]。NCS1首先出現(xiàn)在進化過程中[40],鈣-肉豆蔻酰開關可能只出現(xiàn)在NCS家族的新成員中。事實上,之前已經確定N-末端片段中的殘基阻止了肉豆蔻基擠出[29]。假設在進化過程中發(fā)生了突變,以允許某些NCS蛋白質中存在這種機制[29,93]。為了驗證這一假設,目前正在對NCS1突變體進行膜結合測量。


致謝


作者感謝Habib Horchani博士和Dre Alicia Montoni博士參與科學討論和校對。SL是加拿大自然科學與工程研究委員會(NSERC)本科生研究獎的獲得者。作者感謝NSERC和魁北克杜楚德基金會的資助。


附錄A.補充數(shù)據(jù)

與本文相關的補充數(shù)據(jù)可在以下網站的在線版本中找到:http://dx.doi.org/10.1016/j.colsurfb.2015.11.65